Ανεγέρθηκε πριν από την Αγία Σοφία και πιθανώς έδωσε στον Ιουστινιανό το έναυσμα να οικοδομήσει ένα θρησκευτικό κτήριο ανώτερό του. Ηταν η εκκλησία του Αγίου Πολύευκτου, ένα από τα σημαντικότερα κτίσματα της Κωνσταντινούπολης, από την οποία ελάχιστα ερείπια έχουν απομείνει. Επιστήμονες και εργάτες από τη Διεύθυνση Αρχαιολογικών Μουσείων Κωνσταντινούπολης πραγματοποιούν αυτό τον ανασκαφές στους υπόγειους χώρους του ναού.
Ο διευθυντής Ραχμί Ασάλ είπε στο πρακτορείο Anadolu ότι η περιοχή όπου βρίσκεται η εκκλησία περιέχει μερικά από τα πιο σημαντικά αρχαιολογικά κατάλοιπα της Κωνσταντινούπολης, τα οποία έχουν πολύ σημαντική αρχιτεκτονική και σπουδαία διακόσμηση.
Ο Άγιος Πολύευκτος ήταν το μεγαλύτερο και σημαντικότερο κτίσμα της περιόδου του μετά την Αγία Σοφία, είπε. Κτίσθηκε το 524-527 από την Ρωμαία Aνικία Ιουλιανή, η οποία ήθελε να κάνει επίδειξη πλούτου και δύναμης και είχε αξιοθαύμαστη τοιχογράφηση. Η Ανικία Ιουλιανή (Anicia Juliana, 463-528) ήταν πριγκίπισσα, κόρη Αυτοκράτορα της Δυτικής Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας Ολύβριου, της γενιάς των Ανικίων. Γεννήθηκε στην Κωνσταντινούπολη. Η μητέρα της ήταν η Πλακιδία, η νεότερη κόρη του Αυτοκράτορα Ουαλεντινιανού Γ και της Λικινίας Ευδοξίας.
Παντρεύτηκε τον Αρεόβινδο και απέκτησαν πολλά παιδιά, ένα από τα οποία, ο Ολύβρος, έγινε ύπατος το 491. Με τον σύζυγό της πέρασε τη ζωή της κατά την προ του Ιουστινιανού εποχή, στην Κωνσταντινούπολη, ενώ θεωρούνταν η πιο αριστοκρατική και η πλουσιότερη κάτοικος». Εμεινε στην ιστορία ως μια από της πρώτες γυναίκες προστάτιδες της τέχνης στην ιστορία.
Ο Ασάλ εξήγησε ότι η εκκλησία υπέστη σοβαρές ζημιές, ιδιαίτερα κατά τη διάρκεια της εισβολής των Σταυροφόρων. Λέγεται ότι το κτήριο είχε ήδη υποστεί ζημιές από σεισμό του 1010 και τμήματά του μεταφέρθηκαν και χρησιμοποιήθηκαν στη Βασιλική του Αγίου Μάρκου στη Βενετία. Άλλα υλικά χρησιμοποιήθηκαν επίσης για τη διακόσμηση και την κατασκευή άλλων ναών στην Κωνσταντινούπολη και ότι σήμερα έχουν διασωθεί μόνο κάποιοι τοίχοι.
Τα ερείπια του οικοδομήματος που ήταν κάποτε η μεγαλύτερη εκκλησία της Κωνσταντινούπολης και κατασκευάστηκε για να μοιάζει με τον ναό του Σολομώντα στην Ιερουσαλήμ βρίσκονται σε ένα μικρό πάρκο ακριβώς στη μέση της γειτονιάς Φατίχ της Κωνσταντινούπολης, κοντά στο Δημαρχείο.
Τον ναό του Αγίου Πολυεύκτου σχεδίασαν άγνωστοι αρχιτέκτονες, κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Ιουστίνου Α. Αρχικός σκοπός της ανέγερσής του ήταν να αντικαταστήσει μια παλαιότερη εκκλησία, κτισμένη από την Ευδοκία σύζυγο του Θεοδοσίου Β και προγιαγιά της Ιουλιανής για να στεγάσει την κάρα του Αγίου.
Σε ένα μακροσκελές εξυμνητικό επίγραμμα 76 στίχων που ήταν γραμμένο σε τοίχο του ναού και διασώθηκε ολόκληρο στην Ελληνική Ανθολογία, (I.10), η Ανικία Ιουλιανή συγκρίνει τον εαυτό της με τους αυτοκράτορες του παρελθόντος Μέγα Κωνσταντίνο και Θεοδόσιο Β στο πεδίο της ανεγέρσεως μνημειακών αρχιτεκτονημάτων. Επίσης, ισχυρίζεται ότι έχει ξεπεράσει τον Ναό του Σολομώντα, στου οποίου τις αναλογίες υποτίθεται ότι βασίσθηκε ο ναός του Αγίου Πολυεύκτου. Συνεπώς με τον Ναό του Αγίου Πολυεύκτου έθετε μία ευθεία πρόκληση προς το κύρος και την αυθεντία της νέας, Ιουστινιανής Δυναστείας, που είχε ταπεινότερη καταγωγή, και ίσως αυτή η πρόκληση να απετέλεσε έναν από τους λόγους για την τεράστια κλίμακα της ανακατασκευής του Ναού της Αγίας Σοφίας από τον Ιουστινιανό Α’ σχεδόν μία δεκαετία αργότερα.
Πιθανώς λοιπόν να μην ήταν τυχαίο το ότι και ο Ιουστινιανός, όταν αντίκρισε την ολοκληρωμένη Αγιά-Σοφιά, ανεφώνησε κατά την παράδοση την περίφημη φράση: «Νενίκηκά σε, Σολομών». Η σημασία των σολομώντειων παρομοιώσεων αμφισβητείται ωστόσο από μερικούς ερευνητές, που θεωρούν τον Ναό του Αγίου Πολυεύκτου περισσότερο ως μια επίδειξη του αυτοκρατορικού κύρους της παλαιάς ρωμαϊκής αριστοκρατίας, από την οποία καταγόταν η Ιουλιανή, και της Χαλκηδόνιας Ορθοδοξίας, την οποία είχε υποστηρίξει κατά τη βασιλεία του Μονοφυσίτη Αυτοκράτορα Αναστάσιου Α.
Μια επιπλέον πλευρά του ανταγωνισμού της Ιουλιανής με τον Ιουστινιανό διαφαίνεται από μια ιστορία που κατέγραψε ο Γρηγόριος Τουρώνης: λίγο μετά την άνοδό του στον αυτοκρατορικό θρόνο, ο Ιουστινιανός κάλεσε την ηλικιωμένη Ιουλιανή να συνεισφέρει ένα μέρος της τεράστιας περιουσίας της στο κρατικό θησαυροφυλάκιο. Μετά από μια περίοδο απραξίας, εκείνη έβαλε και έλιωσαν το χρυσάφι της σε πλάκες, με τις οποίες διακόσμησε το εσωτερικό της οροφής του νέου Ναού του Αγίου Πολυεύκτου, διαφυλάσσοντάς το έτσι από την πλεονεξία του Αυτοκράτορα.
Αν και δεν έχουμε ακριβή στοιχεία, θεωρείται πως ήταν τρίκλιτη βασιλική με σχεδόν τετράγωνο σχήμα και πλευρά περίπου 52 μέτρων, νάρθηκα, και μπροστά είχε ένα μεγάλο αίθριο μήκους 26 μέτρων. Στα βόρεια του αιθρίου υπάρχουν ερείπια ενός άλλου κτιρίου, που έχει ταυτοποιηθεί είτε ως το βαπιστήριο του ναού, είτε ως μέρος του ανακτόρου της Ανικίας Ιουλιανής.
Μια ωοειδής δομή στο κέντρο του κτίσματος υποδεικνύει τη θέση του άμβωνα, ενώ οι ισχυρές θεμελιώσεις σε όλες τις πλευρές του κτηρίου υποδηλώνουν, κατά κάποιον από τους μελετητές του, το ότι ο ναός είχε τρούλο, κάτι που θα ανέβαζε το εκτιμώμενο ύψος του κτίσματος σε πάνω από 30 μέτρα. Η περιοχή του ιερού δεν έχει ανασκαφεί επαρκώς και το σχήμα του παραμένει άγνωστο. Η πιθανή παρουσία τρούλου, με την οποία διαφωνούν άλλοι ερευνητές, έχει μεγάλη σημασία, καθώς θα σήμαινε ότι ο Ναός του Αγίου Πολυεύκτου ήταν ο πρώτος ναός στην ιστορία του τύπου της βασιλικής μετά τρούλου.
Ο εσωτερικός διάκοσμος ήταν ασυνήθιστα πλούσιος. Οι τοίχοι ήταν διακοσμημένοι με μάρμαρα, η οροφή ήταν επίχρυση και ο νάρθηκας είχε αγιογραφία με θέμα τη βάπτιση του Μεγάλου Κωνσταντίνου. Θραύσματα από ελεφαντόδοντο, αμέθυστο και χρωματιστό γυαλί, καθώς και ψήγματα από χρυσό, προφανώς ένθετα σε μαρμάρινα γλυπτά, έχουν βρεθεί in situ, όπως και ψηφίδες από ψηφιδωτά.
Η ηθελημένη ομοίωση με τον Ναό του Σολομώντος ενισχυόταν περαιτέρω από την κυριαρχία μοτίβων όπως τα φοινικόδεντρα, τα ρόδια και τα κρίνα στη διακόσμηση του ναού. Αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό, που δεν έχει τεκμηριωθεί προγενέστερη χρήση του στην τέχνη και την αρχιτεκτονική της Κωνσταντινουπόλεως, είναι η μεγάλης κλίμακας χρήση διακοσμητικών στοιχείων από την Περσία των Σασσανιδών, όπως οι θριγγοί που διατρέχονταν από φύλλα ροδιάς ή συμμετρικά γεωμετρικά και φυτικά μοτίβα. Τα περσικά μοτίβα έγινε περισσότερο δημοφιλή κατά τον 6ο αιώνα και χρησιμοποιήθηκαν επίσης στη διακόσμηση της Αγίας Σοφίας. Ακόμα ένα ασυνήθιστο εύρημα, είναι μια δεκάδα ανάγλυφων πλακών με απεικονίσεις του Χριστού, της Θεοτόκου και των Αγίων Αποστόλων: τέτοιες εικόνες είναι πολύ σπάνιες εξαιτίας της καταστροφής των αναπαραστάσεων της ανθρώπινης μορφής κατά την Εικονομαχίας του 8ου και του 9ου αιώνα.
Από τα μεγαλύτερα διακοσμητικά ανάγλυφα μαρμάρινα υπολείμματα που διασώθηκαν επιτόπου είναι αυτά της κεφαλής της κόγχης. Από αυτά τα ογκώδη τεμάχια μαρμάρου ξεχωρίζει ένα κοίλο τμήμα με μεγάλο ανάγλυφο παγωνιού που κοιτάζει τον θεατή με ανοιγμένη την ουρά του. Τα γράμματα στο εξυμνητικό επίγραμμα στη θέση αυτή έχουν ύψος 11 εκατοστόμετρα και περιβάλλονται από ρεαλιστικές απεικονίσεις αμπέλων, με τη λεπτομέρεια του κάθε ξεχωριστού φύλλου τους να είναι εντυπωσιακή: το κάθε φύλλο έχει ορατά νεύρα, κάποιες άκρες τους είναι σκισμένες και ο καλλιτέχνης δημιούργησε ακόμη και επίπεδα, «τραβώντας» μερικά φύλλα προς τα εμπρός και «βυθίζοντας» άλλα στο φόντο, δίνοντας την αίσθηση του βάθους.
Τα κυριότερα χρώματα ήταν τα γαλάζια, τα πράσινα και μερικά βιολετιά, των οποίων οι χρωστικές ύλες ήταν δυσεύρετες και επιδεικνύουν έτσι την ισχύ της Ανικίας Ιουλιανής. Το φόντο στις αμπέλους και τα γράμματα ήταν φωτεινό γαλάζιο. Τα παγώνια (συνδεδεμένα με τη θεά Ήρα και τις βασιλικές γενιές στην αρχαιότητα, και σύμβολα της ανανεώσεως/αναγεννήσεως για τους Χριστιανούς), στολισμένα με γλυπτά περιδέραια, ήταν ζωγραφισμένα με τα φυσικά τους χρώματα και χρυσαφί. Από τις άδειες κοιλότητες στα μάτια των σωζόμενων κεφαλών των πουλιών, καταλαβαίνουμε ότι τα μάτια είχαν αποδοθεί με χάντρες από πράσινο γυαλί. Κρατούσαν επίσης με τα ράμφη τους μικρές αλυσίδες για το κρέμασμα αντικειμένων. Άλλος μελετητής υποθέτει ότι από αυτές κρέμονταν καντήλια ή λάμπες φωτισμού.
Οι πρώτες αρχαιολογικές ανασκαφές διεξήχθησαν το 1960-1967 από τον Βρετανό ιστορικό τέχνης καθ. Dr. Martin Harrison και τον αρχαιολόγο Nezih Firatli.
Στις τωρινές ανασκαφές, εντοπίσθηκαν κορμός μαρμάρινου ανδρικού αγάλματος και ένα άγαλμα του θεού Πάνα. Ο κορμός εντοπίσθηκε περίπου σε βάθος ενός μέτρου από την επιφάνεια στις βόρειες πλευρές της κύριας κατασκευής. Εχει ύψος 33 εκατοστά και πλάτος 28 εκατοστά και μπορεί να χρονολογείται από την Ύστερη Ρωμαϊκή περίοδο του τρίτου έως του τέταρτου αιώνα.
Στην ίδια περίοδο ανήκει και άγαλμα του Πανός. Αποκαλύφθηκε 2,6μ κάτω από το έδαφος, και είναι ηλικίας 1700 ετών. Το αριστερό χέρι και τα κάτω από το σώμα του αγάλματος ύψους 20 εκατοστών και πλάτους 18 εκατοστών βρέθηκαν σπασμένα.
Αν και λέγεται ότι υπάρχουν πολλά ανάκτορα και οικοδομήματα που ανήκουν στην οικογένεια των Θεοδοσίου στην περιοχή, δεν έχει βρεθεί μέχρι σήμερα καμία αυτοκρατορική κατασκευή. Με τα τωρινά ευρήματα, οι ανασκαφείς θεωρούν ότι ίσως έχουν φτάσει στα χαμένα παλάτια της ρωμαϊκής εποχής.
